La squadra è chiamata alla fabbrica di cioccolato della Walpert, dove si scopre che gli ingredienti usati non sono il semplice latte e cacao.
Il corpo di un ragazzo viene ritrovato in un'antica nave affondata, la Amalia Rose: Brennan si occupa di identificare la vittima mentre Cam...
Brennan e Booth indagano sulla morte di una ballerina di strada e la ricerca li conduce tra i colleghi della vittima.
Dopo aver trovato un teschio e delle ossa di mani mozzate in un cassonetto, il team di Bones va alla ricerca del resto dello scheletro.
Brennan e Booth sono vengono chiamati ad indagare sul cadavere di un ragazzo in stato di decomposizione.
In una grotta del parco nazionale vengono rinvenuti i resti di una coppia, la squadra cerca di scoprire chi erano e perchè sono stati assassinati.
Caroline richiama Bones e Booth al Jeffersonian affinchè la aiutino a salvare il lavoro di Cam e per collaborare insieme a lei ad un caso controverso.
Brennan e Booth si recano a Washington per indagare sul ritrovamento di un braccio umano rinvenuto nello stomaco di un orso bruno.
Il cadavere di un ragazzo viene trovato appeso a un albero, come se si fosse impiccato. Booth e Brennan sono in disaccordo sulla causa.
Bones e Booth lavorano sull'omicidio di un uomo ucciso mentre era alla guida di un SUV.